Abrir "programa.sh" desde c++/LINUX

[j.programator]

Buenas!!
Quiero abrir una simulación desde mi programa de c++.Para ello he empezado probando la función system() y me lo abre pero no veo forma de que el usuario pueda decidir finalizar la simulación, y pesar de que lo meta en hilos no me cierra el proceso, y me acaba bloqueando la interfaz al cerrar el hilo. Parece ser que esa función crea un nuevo proceso, y se cierra automáticamente cuando se termina su función. Para comandos como "cd" o "ls" no hay problema, pero la simulación sería un bucle eterno.
También he probado con fork() pero me clona la interfaz así que tampoco me sirve. Y estoy echando un ojo a la familia exec() pero tampoco acabo de verlo muy claro.
Si alguno podría decirme de alguna función o algo se lo agradecería.
Un saludo!!